پس از این که منافقین علیه نظام وارد عملیات مسلحانه شدند، بخشی از این جریان از کشور فرار کردند و به صدام پیوستند و بخشی نیز زندانی شدند که با توجه به فاز مسلحانه بودن حرکت شان، از همان ابتدا هم اگر اعدام می شدند واقعا جای گلایه و اعتراض نداشت، لیکن با گذشت نظام تنها زندانی شدند و این در حالی بود که در تمام این مدت سازمان منافقین با صدام همکاری داشتند و عملیات های تروریستی زیادی را نیز در داخل کشور انجام دادند.
پس از انجام عملیات منافقین علیه نظام جمهوری اسلامی با عنوان «فروغ جاویدان» با همکاری ارتش صدام در سال ۱۳۶۷ که با عملیات ارتش جمهوری اسلامیبا عنوان «مرصاد» مواجه و به شکست انجامید، مشخص گردید که بخشی از منافقین از داخل زندان ها با عملیات هماهنگ بودند تا پس از اشغال هر شهر به نیروهای منافقین بپیوندند و در نهایت در حمله به تهران شرکت کنند که قبل از آغاز عملیات تلاش کردند تا هم طیفان خود را برای آن آماده نمایند.
از سوی دیگر خود مسعود رجوی، فرمانده منافقین، ۳ روز قبل از آغاز عملیات می گوید:
«براساس تقسیمات انجام شده، ۴۸ ساعته به تهران خواهیم رسید… از پایگاه نوژه هم ترسی نداشته باشید؛ هر سه ساعت به سه ساعت دستور میدهم هواپیماهای عراقی بیایند و آنجا را بمباران کنند. پایگاه هوایی تبریز را هم باهواپیماهر سه ساعت به سه ساعت مورد هدف قرار خواهیم داد… از طرفی درب زندانها که باز شود آنها هم با ما هستند و با ما همراهی خواهند کرد. نیروهای زندان بالقوه با ما هستند.»
که این شرایط موجب شد تا براساس نظر شخص امام خمینی(ره)، پرونده این افراد مجدداً بررسی گردد تا در صورت وجود رابطه با عملیات مزبور، به عنوان محارب مجازات شوند. اما اعدام منافقین از نظر افرادی مانند آیت الله منتظری که منافقین در بیت او نفوذ کرده بودند و امیرارجمند، سخنگوی موسوی مورد اعتراض قرار گرفت و حال این که جنایات منافقین چه در مبارزه مسلحانه با نظام، چه در همکاری با صدام در جنگ و چه در ترورهای گسترده علیه مسئولان بلند پایه نظام و مردم عادی، جای دفاع نداشت، خصوصاً این که اعدام منافقین به دلیل ادامه همکاری زندانیان با سازمان منافقین در محاربه با اسلام، مسلمین و نظام اسلامی انجام شد!