حضرت امام محمد باقر(ع) ملقب به باقرالعلوم در سومین روز از ماه صفر در شهر مدینه چشم به جهان گشود. پدر ایشان امام زین العابدین، علی بن حسین (ع) و مادر ایشان فاطمه نام داشت. دوران امامت امام محمد باقر(ع) از سال ۹۵ هجری که سال درگذشت امام زین العابدین (ع) آغاز شد و تا سال ۱۱۴ هجری قمری یعنی به مدت ۱۹ سال و چند ماه ادامه داشت.
در دوره امامت امام محمد باقر ( ع ) و فرزندش امام جعفر صادق ( ع ) مسائلی مانند انقراض امویان و بر سر کار آمدن عباسیان و پیدا شدن مشاجرات سیاسی و ظهور سرداران و مدعیانی مانند ابوسلمه خلال و ابومسلم خراسانی و دیگران مطرح است ، ترجمه کتابهای فلسفی و مجادلات کلامی در این دوره پیش می آید ، و عده ای از مشایخ صوفیه و زاهدان و قلندران وابسته به دستگاه خلافت پیدا می شوند . قاضیها و متکلمانی به دلخواه مقامات رسمی و صاحب قدرتان پدید می آیند و فقه و قضاء و عقاید و کلام و اخلاق را – بر طبق مصالح مراکز قدرت خلافت شرح و تفسیر می نماید ، و تعلیمات قرآنی – به ویژه مسأله امامت و ولایت را ، که پس از واقعه عاشورا و حماسه کربلا ، افکار بسیاری از حق طلبان را به حقانیت آل علی ( ع ) متوجه کرده بود ، و پرده از چهره زشت
ستمکاران اموی و دین به دنیا فروشان برگرفته بود ، به انحراف می کشاندند و احادیث نبوی را در بوته فراموشی قرار می دادند . برخی نیز احادیثی به نفع دستگاه حاکم جعل کرده و یا مشغول جعل بودند و یا آنها را به سود ستمکاران غاصب خلافت دگرگون می نمودند .
اینها عواملی بود بسیار خطرناک که باید حافظان و نگهبانان دین در برابر آنها بایستند . بدین جهت امام محمد باقر ( ع ) و پس از وی امام جعفر صادق ( ع ) از موقعیت مساعد روزگار سیاسی ، برای نشر تعلیمات اصیل اسلامی و معارف حقه بهره جستند ، و دانشگاه تشیع و علوم اسلامی را پایه ریزی نمودند.
زیرا این امامان بزرگوار و بعد شاگردانشان وارثان و نگهبانان حقیقی تعلیمات پیامبر ( ص ) و ناموس و قانون عدالت بودند ، و می بایست به تربیت شاگردانی عالم و عامل و یارانی شایسته و فداکار دست یازند ، و فقه آل محمد ( ص ) را جمع و تدوین و تدریس کنند . به همین جهت محضر امام باقر ( ع ) مرکز علماء و دانشمندان و راویان حدیث و خطیبان و شاعران بنام بود . در مکتب تربیتی امام باقر ( ع ) علم و فضیلت به مردم آموخته می شد .
امام باقر ( ع ) دارای خصال ستوده و مؤدب به آداب اسلامی بود . سیرت و صورتش ستوده بود . پیوسته لباس تمیز و نو می پوشید . در کمال وقار و شکوه حرکت می فرمود.
حضرت امام محمد باقر ( ع ) ۱۹سال و ده ماه پس از شهادت پدر بزرگوارش حضرت امام زین العابدین ( ع ) زندگی کرد و در تمام این مدت به انجام دادن وظایف خطیر امامت ، نشر و تبلیغ فرهنگ اسلامی ، تعلیم شاگردان ، رهبری اصحاب و مردم ، اجرا کردن سنتهای جد بزرگوارش در میان خلق ، متوجه کردن دستگاه غاصب حکومت به خط صحیح رهبری و راه نمودن به مردم در جهت شناخت رهبر واقعی و امام معصوم ، که تنها خلیفه راستین خدا و رسول ( ص ) در زمین است ، پرداخت و لحظه ای از این وظیفه غفلت نفرمود .
سرانجام در هفتم ذیحجه سال ۱۱۴ هجری در سن ۵۷ سالگی در مدینه با توطئه هشام مسموم شد و چشم از جهان فروبست . پیکر مقدسش را در قبرستان بقیع – کنار پدر بزرگوارش – به خاک سپردند.